導讀：諾如病毒（NoV）是全球急性胃腸炎（AGE）的主要病因之一，對公共衛(wèi)生構成重大威脅。為了更好地監(jiān)測和控制NoV的傳播，研究通過深圳市的污水監(jiān)測，探討了NoV的流行趨勢和基因型多樣性。研究發(fā)現(xiàn)強調了污水監(jiān)測在反映人群水平NoV感染、捕捉NoV基因型多樣性以及利用污水中的NoV RNA作為特定指標補充臨床監(jiān)測數(shù)據(jù)，以增強預測NoV流行時間和強度的能力。此外，研究還建立了NoV濃度的基線值，可用于實施早期預警系統(tǒng)和非藥物干預措施，以減輕潛在爆發(fā)的影響。
樣品采集
污水樣本收集與處理：研究中提到的污水監(jiān)測是通過從深圳38個污水處理廠收集污水樣本進行的，收集頻率為每周一次或兩次，時間跨度為2023年3月至2024年2月。樣本采用24小時復合樣本，每小時收集125毫升污水，并使用改良的“PEG（聚乙二醇）沉淀法”進行濃縮。濃縮后的樣本使用自動核酸提取平臺HBNP-9601A進行RNA提取，最終洗脫體積為50微升。隨后，使用NoV GI & NoV GII Duplex-Detection Kit進行逆轉錄定量PCR（RT-qPCR）檢測，在PCR延伸階段測量NoV GI和GII目標基因的熒光強度，并使用人工合成的質粒DNA作為標準曲線進行定量。此外，還進行了PMMoV（Pepper Mild Mottle Virus）RT-qPCR作為定性內部指示器，以控制檢測過程的質量。數(shù)據(jù)分析使用Microsoft Excel 2019進行整理，使用Stata 17.0進行分析，通過配對T檢驗評估NoV GI和NoV GII濃度的差異，使用斯皮爾曼等級相關檢驗評估污水中的NoV濃度與哨點醫(yī)院檢測率之間的關系，并使用iTOL（Interactive Tree Of Life）繪制進化樹，使用R語言4.0.3進行圖表制作和統(tǒng)計分析。
檢測結果
基因型鑒定：通過高通量測序和生物信息學分析，鑒定出100個污水樣本中的24種NoV基因型。病毒濃度：NoV GI和GII的濃度范圍分別為5.0 × 10^4至1.7 × 10^6 copies/L和4.1 × 10^5至4.5 × 10^6 copies/L，GII的濃度高于GI。基因型分布：鑒定出9種NoV GI基因型和15種NoV GII基因型，GII.4和GII.17是主要的優(yōu)勢基因型。與臨床數(shù)據(jù)的相關性：污水中的NoV GI和GII濃度與哨點醫(yī)院的NoV感染檢測率存在中等相關性?；蛐土餍汹厔荩篏II.4和GII.17在不同地區(qū)的相對豐度趨勢相似，提示存在跨區(qū)域傳播的風險。
參考文獻：Yue Z, Shi X, Zhang H, et al. The viral trends and genotype diversity of norovirus in the wastewater of Shenzhen, China[J]. Science of The Total Environment, 2024: 174884.
來源：微生物安全與健康網(wǎng)，作者~教楊。
